В 1941 году во время Битвы за Москву в районе Зеленограда от станции Крюково вдоль Крюковского шоссе (ныне Панфиловский проспект) проходила линия обороны советских войск. В городе и окрестностях находится большое количество памятников Великой Отечественной войны, в том числе мемориальный комплекс «Штыки», из братской могилы которого 3 декабря 1966 года в ознаменование 25-летней годовщины разгрома гитлеровских войск под Москвой был взят прах Неизвестного солдата и перезахоронен в Александровском саду у стен Кремля. До сих пор на территории города обнаруживают останки погибших военнослужащих[5], неразорвавшиеся боеприпасы[6] и другие свидетельства боёв. В границах современного Зеленограда советские войска (16-я армия Константина Константиновича Рокоссовского) располагались следующим образом (если смотреть с юго-западного фланга)[7]: 44-я кавалерийская дивизия (тогда: в районе деревни Каменка; ныне на территории южной части района Крюково); 8-я гвардейская стрелковая дивизия (тогда: в районе посёлка Крюково; ныне на территории районов Крюково, Старое Крюково и небольшом, южном участке района Силино); 354-я стрелковая дивизия (тогда: в районе деревень Алабушево и Матушкино); ныне на территории районов Силино и Матушкино. Также по Ленинградскому шоссе (современная северная граница города) в районе мемориального комплекса «Штыки» проходила линия разделения с 7-й гвардейской стрелковой дивизией). Немецкие войска были представлены в основном 11-й танковой дивизией (на юго-западе) и 35-й пехотной дивизией (на северо-востоке)
Датой основания города считается 3 марта 1958 года, когда Совет Министров СССР в целях рассредоточения населения Москвы принял постановление № 248 о строительстве нового города в районе станции Крюково Октябрьской железной дороги. Под будущий город была отведена территория площадью 11,28 км² (около 30 % территории современного города) между Октябрьской железной дорогой и Ленинградским шоссе в районе 37—41 км от центра Москвы. Фактическое строительство города было начато в 1960 году (главный архитектор Игорь Евгеньевич Рожин). В 1962 году строящийся город, задуманный изначально как центр текстильной промышленности, был передан по инициативе председателя Государственного комитета по электронной технике Александра Ивановича Шокина в ведение комитета с целью создания комплексного центра электроники и микроэлектроники. Впоследствии Зеленоград постоянно противопоставлялся сформировавшейся немного позднее американской Силиконовой (Кремниевой) долине, из-за чего получил одно из своих прозвищ — советская/русская Силиконовая (Кремниевая) долина. Ряд исследователей истории советской электронной промышленности обращают внимание, что аналогичная инициатива исходила также от сбежавших в СССР американских инженеров Джоэля Барра (Иосиф Вениаминович Берг) и Альфреда Саранта (Филипп Георгиевич Старос), последний из которых в 1960-х годах возглавлял КБ-2 электронной промышленности в Ленинграде. 15 января 1963 года решением № 3/25 Исполкома города Москвы строящемуся населённому пункту было присвоено наименование «Зеленоград». На следующий день, 16 января 1963 года, Указом Президиума Верховного Совета РСФСР Зеленоград был преобразован в город и передан в административное подчинение города Москвы[9], а 25 января 1963 года город решением № 5/8 Исполкома города Москвы подчинили Ленинградскому районному Совету Москвы. 19 февраля 1965 года был Верховный Совет РСФСР переподчинил город Московскому городскому Совету[9], что было закреплено 2 марта 1965 года решением Исполкома города Москвы № 8/50. 25 ноября 1968 в соответствии Указом Президиума Верховного Совета РСФСР изменившего административно-территориальное деление Москвы Зеленоград в дополнении к статусу города получил статус 30-го района Москвы[9]. В 1971 году был принят генеральный план застройки города (главный архитектор Игорь Александрович Покровский). В 1987 году в территорию города был включён посёлок Крюково вместе с прилегающими территориями, которые должны были стать площадкой для второй очереди развития города как центра электроники, однако в связи с распадом СССР строительство новой промышленной зоны — Центра информатики и электроники (ЦИЭ) — было брошено на нулевом цикле, при том, что строительство жилого фонда было продолжено. Расчёт количества рабочих мест в промышленных зонах Старого города никак не предполагал появление Нового города (считалось, что работой жителей Нового города обеспечит ЦИЭ[10]), и дисбаланс в отношении количества жителей и рабочих мест, усугублённый кризисом российской экономики после распада СССР, привёл к большой транспортной проблеме в городе, как внутренней, так и внешней. 10 июля 1991 года Зеленоград был преобразован в один из десяти административных округов — Зеленоградский административный округ. Тем не менее, в многих случаях продолжает использоваться топоним «Зеленоград», как традиционное, историческое наименование соответствующий территории. Также часто Зеленоград продолжают называть «городом»: из-за его удалённого и обособленного расположения по отношению к собственно Москве он обладает всеми градостроительными признаками самостоятельного города. С середины 1990-х годов в московской и российской статистике Зеленоград стали считать исключительно в составе непосредственно города Москвы. 5 июля 1995 года округ был поделён на пять районов (муниципальных округов): № 1, № 2, № 3, № 4 и Крюково[12]. 4 декабря 2002 года переделён на три района при сохранении пяти внутригородских муниципальных образований: Матушкино-Савёлки (муниципальные образования Матушкино и Савёлки), Панфиловский (муниципальные образования Старое Крюково и Силино) и Крюково (муниципальное образование Крюково). С 1 января 2010 года деление на пять районов было восстановлено
